按第一份档案退。
根据劳动人事和社会保障部门及《公司法》、《劳动法》等有关法律法规规定：职工退休工龄认定按第一份经过劳动人事部门审核认定并备案的招工表所填写的进厂（公司）时间为准。所以，如果有两份档案，就以第一份档案（招工表）为准。
退休时有两份档案按哪份退
退休时有两份档案的按照最早的最原始的档案办理，按照档案里年龄最早的办理退休，但是需要开一份补充说明，说明一下两份档案中年龄不一致的原因，这样就可以按照最早的年龄办理退休手续，对退休者也是公平公正的，所以要提前查看档案的情况